Doanh nghiệp kêu vướng về khấu trừ thuế giá trị gia tăng

Cụ thể, theo Điều 23, Nghị định số 181/2025/NĐ-CP, nếu tới hạn thanh toán, doanh nghiệp chưa thanh toán đối với các hóa đơn từ 5 triệu đồng trở lên (tức là chưa có chứng từ thanh toán) doanh nghiệp khai bổ sung loại phần chi phí này ra.

Trong khi các quy định tại Nghị định 181/2025/NĐ-CP không nói cụ thể là không được trừ nhưng một số cơ quan thuế địa phương đang hướng dẫn và khẳng định không được trừ.

Mới đây, Chi cục Thuế tỉnh Ninh Bình đã có văn bản hướng dẫn một doanh nghiệp ngành dệt may theo hướng: nếu doanh nghiệp quá hạn thanh toán mà chưa có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thì “phải kê khai, điều chỉnh giảm số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ”. Sau thời điểm thanh toán, dù có chứng từ bổ sung, doanh nghiệp vẫn “không được khấu trừ lại số thuế đó”.

Ông Nguyễn Văn Thức, chuyên gia lĩnh vực kế toán - đại lý thuế tại TP. Hồ Chí Minh, cho rằng nếu không hướng dẫn thống nhất thì kế toán hoang mang và doanh nghiệp sẽ sẽ thiệt hại lớn. Ông cho biết đã gửi kiến nghị trên dịch vụ công quốc gia đến Bộ Tài Chính từ ngày 25/9/2025 nhưng tới hôm nay chưa nhận được câu trả lời.

Theo chuyên gia lĩnh vực kế toán ở địa lý thuế này, quy định không cho doanh nghiệp khấu trừ thuế GTGT đầu vào khi thanh toán chậm so với hợp đồng là chưa thỏa đáng. Nghị định 181/2025/NĐ-CP không hề “cấm”, hay nói rõ là “không được khấu trừ” và việc thanh toán chậm là giao dịch dân sự, không làm thay đổi bản chất thuế.

Theo ông Thức, hợp đồng kinh tế giữa hai doanh nghiệp là giao dịch dân sự theo Bộ luật Dân sự 2015. Chậm thanh toán chỉ là vi phạm nghĩa vụ dân sự, không làm thay đổi bản chất giao dịch mua bán hàng hóa, dịch vụ đã phát sinh và hoàn thành.

“Hàng hóa đã giao, hóa đơn đã lập, thuế GTGT đầu ra đã nộp đầy đủ. Thanh toán chỉ chậm hơn so với thỏa thuận, không có yếu tố gian lận thuế hay thay đổi giá trị giao dịch. Do đó, cơ quan thuế không có cơ sở pháp lý để coi đây là hóa đơn không hợp lệ hoặc giao dịch không đủ điều kiện khấu trừ” – ông Thức nói.

Theo vị chuyên gia này, tại Điểm g, Khoản 2 Điều 26 Nghị định 181/2025/NĐ-CP có quy định: “Trường hợp đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng, phụ lục hợp đồng, cơ sở kinh doanh không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thì cơ sở kinh doanh phải kê khai, điều chỉnh giảm số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ...”.

Luật Thuế GTGT năm 2008 (sửa đổi các năm 2013, 2016, 2022) có quy định cơ sở kinh doanh được khấu trừ toàn bộ thuế GTGT đầu vào... nếu có hóa đơn, chứng từ hợp pháp và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt theo quy định” (Điều 12).

Theo các chuyên gia thuế, Điều 47 và Điều 60 Luật quản lý thuế 2019 cũng cho phép người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ thuế trong thời hạn 10 năm khi có sai sót, kể cả điều chỉnh tăng hoặc giảm nghĩa vụ thuế. Khi doanh nghiệp có chứng từ thanh toán hợp lệ sau đó, hoàn toàn có quyền khai bổ sung kê khai bổ sung để khấu trừ lại thuế GTGT đầu vào.

Theo đó, có thể thấy, các quy định về pháp lý liên quan đến hoạt động khấu trừ thuế GTGT ở cấp độ luật và nghị định đều không cấm việc khấu trừ lại, cho phép các doanh nghiệp khai bổ sung khi có đủ chứng từ. Các ý kiến cho rằng việc thanh toán chậm có thể chỉ vi phạm dân sự, không làm mất hiệu lực giao dịch; không làm thất thu ngân sách nhà nước.

Từ đó, việc một số cơ quan thuế diễn giải “đến hạn thanh toán mà chưa có chứng từ thì phải khai bổ sung loại ra, sau đó nếu có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thì cũng không được khấu trừ lại” là chưa đúng với phạm vi của Nghị định 181/2025/NĐ-CP và chưa đúng với luật thuế GTGT hiện hành.