Hoàn thiện chính sách thuế, giảm áp lực cho doanh nghiệp, tạo dư địa thúc đẩy tăng trưởng

Tiếp thu, giải trình toàn diện, giảm tác động tới sản xuất – kinh doanh

Bộ trưởng Bộ Tài chính Nguyễn Văn Thắng cho biết, quá trình tiếp thu và chỉnh lý dự thảo được thể hiện toàn diện trong Báo cáo 1252/BC-CP, trong đó Chính phủ nêu rõ việc sửa luật là yêu cầu khách quan xuất phát từ thực tế triển khai, không phải do khâu tổ chức thực hiện của các địa phương hay cơ quan thuế. Ngay sau khi Luật 48/2024 có hiệu lực từ ngày 1/7/2025, hàng loạt phản ánh từ doanh nghiệp, hiệp hội ngành hàng đã chỉ ra những vướng mắc mới, đặc biệt ở khâu thương mại nông sản, hoạt động sản xuất thức ăn chăn nuôi và trong thủ tục hoàn thuế. Chính phủ phân tích rằng quy định thuế GTGT 5% ở khâu thương mại đối với nông sản chưa chế biến không những không làm tăng thu ngân sách, mà cuối cùng vẫn phải hoàn lại cho doanh nghiệp, gây đọng vốn lớn, phát sinh chi phí hành chính và kéo dài thời gian luân chuyển hàng hóa.

Từ góc độ thực tiễn, nhiều ngành hàng nông nghiệp xuất khẩu với tỷ lệ rất cao, có ngành lên tới 90–95% sản lượng, cho thấy cơ chế “nộp rồi hoàn” không phù hợp với đặc điểm của ngành. Trong 6 tháng cuối năm 2025, số liệu tính toán của Chính phủ cho thấy thuế GTGT phải tạm nộp của từng ngành là rất lớn, với khoảng 5.000 tỷ đồng đối với cà phê, hơn 2.000 tỷ đồng đối với lương thực và hơn 2.100 tỷ đồng đối với hồ tiêu và gia vị. Khoản thuế này thực chất chỉ là vốn bị “khóa” lại trong thời gian chờ hoàn, ảnh hưởng tiêu cực tới thanh khoản, khả năng mở rộng thu mua và năng lực cạnh tranh của doanh nghiệp xuất khẩu. Chính phủ vì vậy khẳng định cần thiết phải khôi phục cơ chế trước đây, cho phép doanh nghiệp, hợp tác xã mua – bán nông sản chưa chế biến giữa các đơn vị với nhau không phải kê khai, tính thuế nhưng vẫn được khấu trừ đầu vào, qua đó trả lại sự thông suốt cho dòng vốn và đúng bản chất của quá trình sản xuất – lưu thông.

Cùng với đó, dự thảo luật cũng xử lý vướng mắc phát sinh trong sản xuất thức ăn chăn nuôi. Mặc dù sản phẩm đầu ra không chịu thuế GTGT, nhưng nhiều nguyên liệu đầu vào lại chịu thuế 5%, khiến doanh nghiệp không được khấu trừ, dẫn tới tăng chi phí và giảm sức cạnh tranh. Các hiệp hội ngành hàng kiến nghị sớm điều chỉnh để bảo đảm sự cân đối hợp lý giữa đầu vào và đầu ra, đồng thời tránh tình trạng bất bình đẳng giữa doanh nghiệp sản xuất trong nước và hàng nhập khẩu vốn không chịu thuế ở khâu nhập khẩu.

Vấn đề hoàn thuế xuất khẩu cũng được Chính phủ đề cập chi tiết. Điều kiện chỉ hoàn thuế khi bên bán đã kê khai, nộp thuế dẫn đến doanh nghiệp xuất khẩu bị phụ thuộc vào nghĩa vụ thuế của bên bán, trong khi họ không có khả năng giám sát. Đây là một trong những nguyên nhân chính gây ách tắc hoàn thuế thời gian qua. Do đó, việc bãi bỏ quy định này là cần thiết để bảo đảm tính độc lập giữa nghĩa vụ thuế của người mua và người bán, đồng thời phù hợp với bản chất của thuế GTGT đầu vào đối với hàng hóa xuất khẩu.

Trong quá trình tiếp thu, Chính phủ cũng giải trình rõ về đề nghị xử lý bằng nghị quyết của Chính phủ theo tinh thần Nghị quyết 206/2025/QH15. Tuy nhiên, việc Quốc hội đang họp và vấn đề mang tính chất sửa đổi chính sách thuế căn bản đòi hỏi phải thực hiện đúng thẩm quyền lập pháp. Luật sửa đổi sẽ tạo nền tảng ổn định lâu dài, tránh tình trạng chính sách chỉ có hiệu lực tạm thời và gây khó khăn cho doanh nghiệp trong lập kế hoạch sản xuất – kinh doanh.

Báo cáo của Chính phủ đồng thời nhấn mạnh yêu cầu bảo đảm chống gian lận thuế. Việc sửa luật không nhằm nới lỏng quản lý mà nhằm tạo ra hành lang pháp lý minh bạch, đồng bộ với Luật Quản lý thuế (sửa đổi), trong đó bổ sung cơ chế đánh giá rủi ro, hoàn thuế tự động đối với hồ sơ rủi ro thấp và các biện pháp tăng cường công cụ số để giám sát, kiểm tra thuế. Đây là định hướng xuyên suốt nhằm hiện đại hóa quản lý thuế, tạo sự công bằng giữa các chủ thể và nâng cao hiệu quả thu ngân sách.

Nhiều điểm mới quan trọng giải quyết đúng trọng tâm và phù hợp thực tiễn

Luật Thuế GTGT sửa đổi được Quốc hội thông qua tập trung vào một số nội dung then chốt có tác động trực tiếp tới nền kinh tế và dòng lưu chuyển hàng hóa. Nội dung nổi bật đầu tiên là quy định về nông sản sơ chế ở khâu thương mại. Luật mới khẳng định doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã khi mua – bán nông sản chưa chế biến thành sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường giữa các đơn vị với nhau thì không phải kê khai, tính thuế GTGT nhưng vẫn được khấu trừ thuế đầu vào. Đây là điểm điều chỉnh có ý nghĩa đặc biệt đối với doanh nghiệp nông sản, bởi nó giải quyết tận gốc vấn đề đọng vốn do cơ chế “nộp rồi hoàn” trước đây, đồng thời phù hợp với đặc thù chuỗi giá trị nông nghiệp vốn có tỷ lệ xuất khẩu rất cao.

Điểm mới thứ hai là việc điều chỉnh ngưỡng doanh thu không chịu thuế GTGT đối với hộ, cá nhân kinh doanh lên mức 500 triệu đồng/năm. Việc nâng ngưỡng này tạo sự thống nhất với Luật Thuế thu nhập cá nhân và Luật Quản lý thuế, đồng thời giảm gánh nặng thủ tục đối với các hộ kinh doanh nhỏ, giúp họ ổn định hoạt động trong bối cảnh nhiều lĩnh vực đang chịu áp lực cạnh tranh và chi phí đầu vào tăng.

Bên cạnh đó, Luật sửa đổi quy định rõ nguyên tắc áp dụng thuế suất đối với phế phẩm, phụ phẩm và phế liệu được thu hồi trong quá trình sản xuất. Thay vì áp dụng thuế suất của sản phẩm chính như trước đây, luật xác định thuế suất theo mặt hàng thực tế của phế phẩm, phụ phẩm. Điều này giúp doanh nghiệp minh bạch hơn trong hạch toán và bảo đảm tính hợp lý của nghĩa vụ thuế.

Một nội dung quan trọng khác là việc bãi bỏ khoản 3 Điều 12 và điểm c khoản 9 Điều 15 của Luật Thuế GTGT hiện hành. Việc loại bỏ các quy định này đồng nghĩa với việc xóa bỏ điều kiện chỉ hoàn thuế khi người bán đã kê khai, nộp thuế. Sự thay đổi này tác động mạnh đến doanh nghiệp xuất khẩu, bởi nó giúp họ chủ động hơn về dòng tiền, không còn phải chờ đợi hoặc phụ thuộc vào việc thực hiện nghĩa vụ thuế của đối tác. Chính sách mới cũng phù hợp với nguyên tắc quản lý thuế hiện đại, tách bạch nghĩa vụ và trách nhiệm giữa các chủ thể trong giao dịch kinh tế.

Từ góc độ tổng thể, những sửa đổi này hướng đến hai mục tiêu lớn. Thứ nhất là giảm chi phí tuân thủ và thời gian thực hiện thủ tục thuế cho doanh nghiệp. Thứ hai là tạo lập môi trường chính sách minh bạch, ổn định, góp phần nâng cao năng lực cạnh tranh của nền kinh tế. Đây cũng là bước đi quan trọng trong lộ trình cải cách thuế đã được Đảng và Quốc hội xác định, bao gồm việc hoàn thiện chính sách thuế GTGT theo chuẩn mực quốc tế, tăng cường tính trung lập của thuế và hạn chế tối đa tác động méo mó đến hoạt động sản xuất – kinh doanh.