Không xử phạt doanh nghiệp khi tăng thuế phát sinh từ việc Hải quan xây dựng lại trị giá tính thuế

Đó là khẳng định của đại diện Chi cục Hải quan Khu vực II tại Hội nghị Đối thoại Doanh nghiệp - Chính quyền Thành phố - Chuyên đề về lĩnh vực Hải quan, do Trung tâm Xúc tiến Thương mại và Đầu tư TP. Hồ Chí Minh (ITPC) tổ chức ngày 11/9/ 2026.

Hội nghị Đối thoại Doanh nghiệp - Chính quyền Thành phố - Chuyên đề về lĩnh vực Hải quan,

Hội nghị được tổ chức nhằm tạo diễn đàn trực tiếp để cộng đồng doanh nghiệp trao đổi với Chi cục Hải quan Khu vực II cùng các cơ quan liên quan về những khó khăn, vướng mắc trong quá trình thực hiện thủ tục hải quan, chính sách thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, kiểm tra, giám sát hải quan và các quy định có liên quan.

Đồng thời thông tin, phổ biến các chủ trương, chính sách, quy định pháp luật và định hướng phát triển đối với hoạt động xuất nhập khẩu, logistics nhằm góp phần cải thiện môi trường đầu tư, kinh doanh của Thành phố.

Hội nghị thu hút sự tham dự của gần 400 đại biểu và tiếp nhận nhiều câu hỏi, kiến nghị của doanh nghiệp xoay quanh nhiều vấn đề thực tiễn như quy trình thủ tục tạm nhập tái xuất hoặc tạm xuất tái nhập, hoàn thuế nhập khẩu đối với loại hình nhập sản xuất xuất khẩu (SXXK), nghĩa vụ thuế xuất khẩu khi đưa hàng vào kho ngoại quan, thủ tục cấp giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa (C/O), và các điều kiện nhập khẩu máy móc thiết bị đã qua sử dụng hoặc hóa chất đặc thù phục vụ hoạt động sản xuất…

Trong đó, các doanh nghiệp quan tâm đến bốn vấn đề chính trong quá trình hoạt động xuất nhập khẩu hàng hoá, nhất là chính sách thuế xuất nhập khẩu, hoàn thuế và thủ tục đối với doanh nghiệp chế xuất, kho ngoại quan.

Doanh nghiệp mong muốn được cơ quan chức năng tháo gỡ các vướng mắc về điều kiện phát sinh nghĩa vụ thuế xuất khẩu đối với hàng hóa của doanh nghiệp sản xuất xuất khẩu (SXXK) đưa vào kho ngoại quan, cũng như giải quyết kiến nghị hoàn thuế đối với loại hình nhập khẩu SXXK tại chỗ (mã loại hình A12) trước thời điểm 01/07/2026.

Bà Lê Thị Thuỳ Dung, Phó trưởng phòng Nghiệp vụ Hải quan Chi Cục Hải qua Khu vực II

Bà Lê Thị Thuỳ Dung, Phó trưởng phòng Nghiệp vụ Hải quan Chi Cục Hải qua Khu vực II, Chi cục Hải quan Khu vực II làm rõ quy định cho phép doanh nghiệp FDI tồn trữ hàng hóa trong kho ngoại quan để bán cho doanh nghiệp chế xuất (DNCX), đồng thời hướng dẫn mã loại hình tờ khai phù hợp và nghĩa vụ nộp thuế khi DNCX thực hiện mua sắm các mặt hàng tiêu dùng từ thị trường nội địa. Cũng như hướng dẫn chi tiết quy trình mở tờ khai đối ứng và công tác kiểm hóa đối với hoạt động tạm xuất tái nhập trong nước để hiệu chuẩn thiết bị giữa các chi nhánh của doanh nghiệp và thủ tục tạm nhập tái xuất phục vụ dịch vụ sửa chữa thiết bị.

Đối với các nhóm hàng đặc thù, doanh nghiệp gặp nhiều vướng mắc về điều kiện, hồ sơ xin giấy phép nhập khẩu máy móc đã qua sử dụng phục vụ hiệu chuẩn, sản phẩm công nghệ thông tin đã qua sử dụng thuộc danh mục cấm, máy photocopy có chức năng mật mã dân sự, hóa chất đặc thù dùng trong sản xuất dược chất và môi trường nuôi cấy tế bào phục vụ sản xuất y tế, cùng quy định về giấy ủy quyền nhập khẩu đối với thuốc thú y cần sớm được cơ quan chức năng tháo gỡ.

Còn với công tác chứng nhận xuất xứ hàng hóa (C/O), kiểm tra chất lượng và giám định kỹ thuật, đang có sự bất cập về thời gian giải quyết thủ tục cấp C/O do bị kéo dài từ 2 ngày lên 7 ngày sau khi chuyển giao thẩm quyền về Sở Công thương. Chính vì vậy, các doanh nghiệp đưa ra kiến nghị xem xét loại bỏ bảng kê trừ lùi C/O đối với nguyên liệu SXXK đã được miễn thuế nhằm giảm tải công việc hành chính.

Doanh nghiệp nêu ý kiến gặp vướng mắc về điều kiện, hồ sơ xin giấy phép nhập khẩu máy móc đã qua sử dụng

Với vấn đề mà doanh nghiệp nêu lên, các cơ quan chức năng cho biết đã hướng dẫn các giải pháp trong kiểm tra chất lượng trước thông quan như đưa hàng hóa (xỉ hạt lò cao) về kho bảo quản trong thời gian chờ kết quả kiểm tra nhà nước, xử lý việc hủy tờ khai quá 15 ngày do chậm trễ cấp đơn đăng ký kiểm tra, quy định tách và xuất bán trước phần hàng hóa thông thường đóng chung kiện với hàng thuộc diện kiểm tra chất lượng và hướng dẫn việc tách mẫu hoặc sử dụng kết quả phân tích của phòng lab nước ngoài khi cơ quan giám định trong nước chưa đáp ứng được trang thiết bị chuyên sâu.

Đặc biệt, về vấn đề quản lý rủi ro, bảo hộ sở hữu trí tuệ và xử lý vi phạm hành chính, đại diện Chi cục Hải quan khu vực 2 đã làm rõ các tiêu chí đánh giá, xếp hạng mức độ uy tín rủi ro của doanh nghiệp sau khi nộp phạt do sơ suất không kịp cập nhật các Nghị định quản lý hóa chất mới, nhất là với trường hợp bị hạ từ mức 2 xuống mức 5 - rủi ro sẽ rất cao, ảnh hưởng trực tiếp đến hoạt động doanh nghiệp.

Ngoài ra, cơ quan chức năng cũng hướng dẫn các quy định về bảo hộ quyền sở hữu trí tuệ đối với linh kiện nhập khẩu như pin lắp vào máy… không có ủy quyền thương hiệu từ hãng lớn doanh nghiệp sẽ phải làm gì để phù hợp với quy định.

Đồng thời, Hải quan khẳng định không xử phạt doanh nghiệp khi việc tăng thuế phát sinh từ việc cơ quan này xây dựng lại trị giá tính thuế; cũng như hướng dẫn thủ tục từ chối nhận hàng do phía nước ngoài gửi nhầm và giải quyết kiến nghị về việc đi riêng lẻ vận đơn MAWB/HAWB từ kho ngoại quan… nhằm giảm chi phí logistics, lưu kho cho doanh nghiệp trong bối cảnh kinh tế khó khăn hiện nay.